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Life Science Database Query

集成50个模块化子技能，支持基因、变异、通路等多领域科研数据查询与合成分析。

已扫描
适合谁
生物医学研究人员、基因组学与精准医疗从业者
不适合谁
无科研背景的普通用户、仅需简单信息检索的非专业人士
国内可用性
需网络配置。可能需要网络配置或第三方服务可访问。
安装难度
新手友好（★☆☆）。基于终端操作、依赖、API Key 和本地环境要求的初步判断。

安装与下载

openclaw skills install @sciminer/life-science-database-query
下载官方 ZIP

Skill 说明

命令、参数、文件名以原文为准

生命科学数据库查询技能

该技能封装了一系列模块化子技能，可组合使用以回答生命科学研究中各个主要领域的提问。每个子技能对应一个或多个公开数据库，并自带其操作规则和执行脚本。

何时使用此技能

  • 用户提出广泛的生命科学问题（如“关于……有哪些已知信息”、“请告诉我这个基因/变异/化合物的情况”）
  • 用户需要进行特定公共数据库的查询（如 gnomAD、UniProt、ChEMBL、ClinicalTrials.gov 等）
  • 用户需要多源证据整合（如遗传学 + 表达数据、结构 + 化学信息、临床 + 文献证据）
  • 用户希望进行位点到基因的优先排序、PheWAS 后续分析或跨队列重复验证
  • 用户希望发现某个研究主题相关的公开数据集或预印本

入口点

对于宽泛或模糊的请求，应首先调用 research-router-skill。它会：

  • 对请求进行分类
  • 标准化实体名称
  • 选择最小必要的一组下游子技能
  • 可选地通过子代理并行处理独立的证据路径
  • 综合生成一份基于证据的简洁回答

仅当请求明确限定于单一数据源时，才可直接调用特定子技能。

子技能目录

子技能文件位于 skills/<sub-skill-name>/SKILL.md。在调用任何子技能前，请先阅读相关 SKILL.md 文件。

协调与路由

子技能描述
research-router-skill路由宽泛或模糊的生命科学请求至合适的子技能，标准化实体，可选地通过子代理并行处理独立证据路径，并合成一份简洁的、有证据支持的回答。

人类遗传学与变异证据

子技能描述
opentargets-skillOpen Targets Platform GraphQL：目标基因、疾病、药物、变异、研究及关联疾病的数据源热力图数据。
gwas-catalog-skillGWAS Catalog REST API v2：研究、关联性、SNP、EFO 特征、基因、文献和位点信息。
clinvar-variation-skillClinVar 临床表型表与 NCBI 变异数据库：搜索、VCV、RCV、SCV 和 RefSNP 查找。
gnomad-graphql-skillgnomAD GraphQL：等位基因频率、基因约束和变异上下文查询。
ensembl-skillEnsembl REST API：查找、重叠、交叉引用和变异相关接口。
eva-skill欧洲变异档案库 REST 接口：物种元数据及归档变异查找。
epigraphdb-skillEpiGraphDB API：本体、文献、孟德尔随机化、基因-药物关系及支持路径证据。
genebass-gene-burden-skillGenebass 基因负担 PheWAS：针对一个 Ensembl 基因 ID 和一个负担集合的分析。
gtex-eqtl-skillGTEx v2 API：基于 rsID、GRCh37 或 GRCh38 输入的单组织 eQTL 关联信息。
eqtl-catalogue-skilleQTL Catalogue API：关联信息获取与文档化的元数据端点。
locus-to-gene-mapper-skill多子技能位点到基因优先排序链（EFO → GWAS → 坐标 → Open Targets L2G/共定位 → eQTL → 负担/编码上下文）。
finngen-phewas-skillFinnGen PheWAS：单变异关联摘要（GRCh38 查询）。
ukb-topmed-phewas-skillUKB-TOPMed PheWAS：单变异关联摘要（GRCh38 查询）。
biobankjapan-phewas-skillBioBank Japan PheWAS：单变异关联摘要（GRCh37 查询）。
tpmi-phewas-skillTPMI PheWAS：单变异关联摘要（GRCh38 查询）。

表达、细胞背景与功能基因组学

子技能描述
bgee-skillBgee SPARQL：健康野生型表达元数据，支持本体感知的查找模式。
human-protein-atlas-skill人类蛋白图谱：基因 JSON 数据、搜索下载及组织或细胞系查找。
cellxgene-skillCELLxGENE Discover API：公开单细胞数据集集合及其元数据。
encode-skillENCODE REST API：对象查找、门户式搜索及元数据检索。
rnacentral-skillRNAcentral API：RNA 条目浏览、单条目查找及交叉引用检索。

蛋白质、结构、通路与功能生物学

子技能描述
alphafold-skillAlphaFold 蛋白质结构数据库 API：预测结果、UniProt 摘要、序列摘要及注释查找。
rcsb-pdb-skillRCSB PDB：核心元数据、搜索 API 查询及 FASTA 下载。
uniprot-skillUniProt REST API：UniProtKB、UniRef、UniParc 及 FASTA 流式端点。
string-skillSTRING API：蛋白质互作网络、相互作用伙伴及富集分析端点。
quickgo-skillQuickGO：GO 注释术语、注释信息及本体遍历。
reactome-skillReactome ContentService：通路、事件、参与者、搜索及图表数据。
rhea-skillRhea：生化反应搜索，支持反应及反应 ID 查找。

化学、代谢物与药理学

子技能描述
bindingdb-skillBindingDB REST API：基于 PDB、UniProt 或相似性搜索的配体-靶点结合信息查找。
chembl-skillChEMBL API：活性、分子、靶点、作用机制及文本搜索端点。
pubchem-pug-skillPubChem PUG REST：化合物属性、描述、检测摘要及物质元数据。
chebi-skillChEBI 2.0 API：化学物质搜索、化合物查找、本体遍历及结构元数据。
pharmgkb-skillPharmGKB API：基因、变异、临床注释、用药指南及搜索功能。
hmdb-skillHMDB：代谢物、蛋白质、疾病及通路搜索。

临床、转化医学与疾病证据

技能：生命科学数据库查询

版本：1.0.0

分块：2/2

子技能描述
clinicaltrials-skillClinicalTrials.gov API v2：研究搜索、元数据、枚举值、搜索区域及字段统计信息。
cbioportal-skillcBioPortal API：研究、分子谱、突变、临床数据和样本信息。
civic-skillCIViC GraphQL：癌症变异解读的模式检查与目标证据检索。
ipd-skillIPD REST：通过公开的 IPD 查询 API 获取 HLA 等位基因和细胞水平的元数据。

文献检索、搜索与公开研究发现

子技能描述
ncbi-entrez-skillNCBI Entrez E-Utilities：PubMed、Gene、Protein、Nucleotide、PMC 元数据以及 GEO 元数据的工作流。
ncbi-pmc-skillNCBI PMC 开放获取：文章与文件可用性元数据。
biorxiv-skillbioRxiv 和 medRxiv API：预印本详情、发表关联性及 DOI 查找。
biostudies-arrayexpress-skillBioStudies 与 ArrayExpress API：自由文本搜索与基于编号的研究检索。
ncbi-datasets-skillNCBI Datasets v2：组装、基因组、分类学及相关元数据端点。
ncbi-blast-skillNCBI BLAST 常用 URL API：提交、轮询并汇总核酸或蛋白质 BLAST 任务。
ncbi-clinicaltables-skillClinical Tables NCBI Gene：人类基因查找、分页与字段选择。

多组学、蛋白质组学与专业数据源

子技能描述
pride-skillPRIDE Archive API：蛋白质组学项目发现与项目级元数据。
proteomexchange-skillProteomeXchange PROXI：数据集、文库、肽段形式、蛋白质、PSM、光谱及 USI 示例。
metabolights-skillMetaboLights：研究发现与研究级代谢组学元数据。
mgnify-skillMGnify API：微生物组研究、样本与生物群落元数据。
efo-ontology-skillEFO OLS4：用于本体解析的搜索、术语查找、子项与后代查询。

路由策略

根据问题需求，选择最少必要的子技能。

研究目标推荐子技能
目标或疾病背景opentargets-skill、gwas-catalog-skill、gtex-eqtl-skill、human-protein-atlas-skill
变异解读clinvar-variation-skill、gnomad-graphql-skill、ensembl-skill，以及一个或多个 PheWAS 子技能
位点到基因的优先排序locus-to-gene-mapper-skill（或其组件子技能以支持自定义工作流）
多队列 PheWAS 验证finngen-phewas-skill、ukb-topmed-phewas-skill、biobankjapan-phewas-skill、tpmi-phewas-skill
表达与组织背景bgee-skill、human-protein-atlas-skill、cellxgene-skill、gtex-eqtl-skill
蛋白质结构与功能alphafold-skill、rcsb-pdb-skill、uniprot-skill、reactome-skill
化学与药理学chembl-skill、bindingdb-skill、pubchem-pug-skill、pharmgkb-skill
实体标准化efo-ontology-skill、ncbi-clinicaltables-skill、ensembl-skill、uniprot-skill
临床与癌症证据clinicaltrials-skill、cbioportal-skill、civic-skill、opentargets-skill
文献与预印本ncbi-entrez-skill、ncbi-pmc-skill、biorxiv-skill
公开数据集发现biostudies-arrayexpress-skill、ncbi-datasets-skill、pride-skill、metabolights-skill、mgnify-skill
序列相似性搜索ncbi-blast-skill
通路与反应背景reactome-skill、rhea-skill、quickgo-skill、string-skill
微生物组背景mgnify-skill
代谢组学背景metabolights-skill、hmdb-skill
蛋白质组学背景pride-skill、proteomexchange-skill

子代理指导原则

当存在子代理时，应将其作为独立证据路径的边界化检索与分析加速器使用。

适合并行处理的情形包括：

  • 同一基因或变异的遗传学与表达证据
  • 同一靶点的结构与化学证据
  • 同一疾病的文献与临床证据
  • 同一变异在多个 PheWAS 队列中的结果

协调代理应负责：

  • 解读用户请求并明确研究范围
  • 解析标识符与标准实体
  • 协调不同来源之间的冲突证据
  • 撰写最终综合结论

每个子代理应接收一个边界明确的目标，并返回简洁的发现结果、注意事项、所用来源及任何生成的文件路径。

证据质量说明

  • 应交叉验证不同类型证据，避免过度依赖单一来源。
  • 明确指出人群局限性、组织特异性、研究设计缺陷及证据空白。
  • 将热图覆盖范围（如 Open Targets 数据源评分）视为证据来源背景，而非因果关系或效应方向的证明。
  • 在进行变异查询前，务必确认坐标体系（GRCh37 与 GRCh38），再调用特定队列的 PheWAS 子技能。
S
@sciminer

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